Em pleno ano de 2065, o caos e a destruição rondam a Terra. Um meteoro atingiu o planeta e lançou ao longo de toda a superfície terrestre, milhões de aliens, que tem por objetivo, extinguir toda vida do planeta. Com isso, as cidades foram abandonadas, a população foi dizimada e, os poucos seres humanos que restam, precisam encontrar meios para sobreviver. Um deles é a Dra. Aki Cross, uma bela e determinada cientista que foi infectada de forma mortal pelos aliens e tem a chave para descobrir o ponto fraco de seu oponente. Agora, com a ajuda de seu mentor científico, o Dr. Sid, e a ajuda do esquadrão militar Deep Eyes, comandado pelo capitão Gray Edwards, a Dra. Cross procura salvar não apenas o planeta, mas também a si mesma.
