Quando uma operação não tem o resultado esperado Arthur Jeffries (Bruce Willis), um agente do F.B.I., se torna bode expiatório e é relegado a segundo plano, sendo usado só em operações de rotina. Mas sua vida tem uma radical mudança quando Simon Lynch (Miko Hughes), um menino de nove anos autista, sem o menor esforço desvenda um "indecifrável" código do governo americano que tinha custado dois bilhões de dólares. Assim, o responsável pelo projeto ordena que este contratempo em forma de criança seja eliminado, mas o agente encarregado da missão mata os pais do garoto (e simula que o marido matou a mulher e se suicidou), mas a criança não é encontrada. Jeffries descobre Simon em um esconderijo e não aceita a versão do "suicídio". Fica claro que querem o garoto morto, ele não sabe quem e nem o motivo mas decidiu protegê-lo e sozinho, pois não sabe em quem confiar. Outras pessoas são mortas e, se não agir rápido, Simon poderá ser a próxima vítima do chefe de uma agência que está determinado a fazer qualquer coisa para manter seu poder e prestígio. 
